Історія закладу починається в далекому 1945 році із заснування медпункту з чисельністю 6 осіб при «Півден Автострої», першим головним лікарем в історії лікарні став Кириченко М.А.,  а сам медпункт був розташований в одноповерховій будівлі барачного типу по вул. Будівників.

На початку 1946 року медпункт перетворено в поліклініку №8 та відкрито спеціалізований прийом лікарів: хірурга, акушера-гінеколога, дерматовенеролога, офтальмолога, стоматолога та терапевта.  В цьому ж році відкрито стаціонар на 30 ліжок, аптека, клінічна лабораторія та фізіотерапевтичний кабінет. Штат медичних працівників збільшився на 40 одиниць.

Поступово поліклініка №8 розширювалась, у 1949 році штат вже складав 128 одиниць, а кількість ліжок збільшилась до 50. У 1950 році поліклініка №8 перейменована в міську лікарню №6 та переміщена в корпус у селищі «Нижнє» по вул. Кедріна. Медичне обслуговування проводилось за цеховим та дільничним принципом. Головним лікарем з 1949 по 1952 рік працював Юдковський Йосип Борисович, стаціонар мав вже 60 ліжок (хірургічного, терапевтичного та гінекологічного профілю).

З 1952 року головним лікарем лікарні працювала Логвінова Надія Афанасіївна, ліжковий фонд зріс до 120 ліжок.

У 1955 році завершено будівництво та відкрите нове поліклінічне відділення за адресою вул. Титова 25. Першою завідувачкою поліклініки стала Крижановська Галина Феліксовна.

З січня 1960 року міська лікарня №6 була перейменована в Медико-санітарну частину №56. В цей час МСЧ №56 вже нараховувала 225 ліжок і, оскільки всі ліжка розміщувались в пристосованих приміщеннях, постало питання про будівництво стаціонарного корпусу. Начальник медсанчастини Левченко Надія Володимирівна домоглася виділення коштів і будівництва стаціонарного корпусу і в 1963 році було урочисто відкрито будівлю стаціонарного корпусу на 520 ліжок. В новому корпусі стаціонару розгорнуті відділення: терапевтичне, гастроентерологічне, кардіологічне, хірургічне, гнійносептичне, урологічне, травматологічне, анестезіології і реанімації, неврологічне, офтальмологічне та ЛОР, а також відділення функціональної діагностики, фізіотерапії, рентгенологічне, клінічна та біохімічна лабораторії та аптека. Значущий вклад в організацію лікувального процесу внесли: головний хірург Карпенко Едуард Петрович, головний терапевт Єрмолаєва Вікторія Олександрівна, головний акушер-гінеколог Романенко Ніна Тимофіївна, головний педіатр Меркулова Ганна Ніканорівна.

В 1970 році медико-санітарну частину №56 перейменовано в медико-санітарний відділ №56. В цей період функціонувало вже 820 ліжок, пропорційно збільшився обсяг медичної допомоги населенню. З 1973 року начальником медсанвідділу працював Вербицький Олексій Іванович, який багато уваги приділяв розвитку матеріально-технічної бази, підвищенню кваліфікації медичного персоналу.

У 1972 році введено в експлуатацію новий п’ятиповерховий корпус поліклініки за адресою вул. Титова 25, а в 1973 році в цьому корпусі розташоване відділення заготівлі та переливання крові. Разом із появою нового корпусу розширена та реорганізована реєстратура, з’явилось відділення профілактики, на 6 здоровпунктах відкриті стоматологічні кабінети.

У 1975 році відкрито новий корпус психоневрологічного диспансеру, який було побудовано за адресою вул. Запоріжське Шосе 11.

У 1979 році відкрита дитяча лікарня на 120 ліжок із поліклінікою на 300 відвідувань в зміну.

У 1979 році МСО №56 надавала спеціалізовану медичну допомогу у 18 відділеннях та амбулаторно-поліклінічну допомогу по 28 лікарським спеціальностям. В цей час ліжковий фонд вже нараховував 1169 ліжок, а в закладі працювало 1956 осіб.

В 1987 році медико-санітарний відділ №56 перейменовано в центральну медико-санітарну частину №56, ця назва і по нині зберіглася в пам’яті мешканців міста.

В 1991 році відкрито пологовий будинок на 60 ліжок та жіноча консультація на 300 відвідувань в зміну. Завідувач пологовим будинком – Сорока Нона Михайлівна, завідувач жіночої консультації – Кучукова Ольга Андріївна.

У 1992 році ЦМСЧ №56 передана до відомства Міністерства охорони здоров’я України та перейменована в Спеціалізовану медико-санітарну частину №6.

З 1999 року заклад очолює заслужений лікар України Яковенко Володимир Іванович. Під його професійним керівництвом оптимізовано організаційну структуру закладу, розширено та вдосконалено спектр медичних послуг та модернізовані лікувальні потужності.

У 2015 році Державний Заклад «Спеціалізована медико-санітарна частина № 6 Міністерства охорони здоров’я України» перейменовано в Державний заклад «Спеціалізована багатопрофільна  лікарня № 1 Міністерства охорони здоров’я України» .

У 2023 році Державний заклад «Спеціалізована багатопрофільна  лікарня № 1 Міністерства охорони здоров’я України» реорганізовано у Відокремлений структурний підрозділ «Університетська лікарня» Дніпровського державного медичного університету.

Таким чином вже більше 70 років заклад успішно забезпечує нагляд за професійним здоров’ям працівників підприємств, надання консультативно-діагностичної, спеціалізованої та високоспеціалізованої медичної допомоги населенню м. Дніпро.

На теперішній час Університетською лікарнею ДДМУ за рік проводиться більш ніж 5 тисяч оперативних втручань, в тому числі: складні операції з ендопротезування колінного суглоба кращими ендопротезами світу, артроскопія колінного й плечового суглоба на сучасному устаткуванні, малоінвазивні операції з остеосинтезу переломів з використанням операційного флюороскопа, функціонують ендовідеохірургічні установки, на яких виконуються такі оперативні втручання, як видалення жовчного міхура, апендиксу, гриж різної локалізації.  Проводяться діагностичні й лікувальні лапароскопії, ендоскопічні операції. Виконуються функціональні та ультразвукові дослідження будь-якого напрямку, ендоскопічні дослідження шлунку, кишківника та бронхів.  Акушерське та дитяче інфекційне вiддiлення закладу систематично підтверджують звання  «Лікарня доброзичлива до дитини». Консультативна поліклініка закладу забезпечує консультації спеціалістів вузького профілю таких як офтальмологи, неврологи, кардіологи, гастроентерологи, дерматовенерологи, онкологи, гінекологи, алергологи, ревматологи, травматологи, інфекціоністи тощо. Стоматологічне відділення консультативної поліклініки забезпечує 160 тисяч відвідувань на рік. Заклад має в своєму складі власні клініко-діагностичну, бактеріологічну лабораторії і лабораторію вірусних гепатитів та ВІЛ, які забезпечують потребу закладу в лабораторних дослідженнях будь якого напрямку та складності.

ВСП "Університетська лікарня" ДДМУ працює у тісній взаємодії із кафедрами Дніпровського державного медичного університету, фахівці різного напрямку систематично залучаються до консультацій.

Безперервно ведеться робота щодо професійного розвитку персоналу, освоєння сучасних методик надання медичної допомоги.